Djelokrug rada Odsjeka se zasniva na praćenju i nadzoru zaraznih bolesti, njihovom sprječavanju i suzbijanju, a sve s s ciljem zaštite cjelokupne populacije od istih. Rad se bazira na Zakonu o zaštiti pučanstva od zaraznih bolesti ( NN 79/2007, 113/2008, 43/2009, 22/2014 , 130/2017 ) , a zarazne bolesti koje se prate definirane su Listom zaraznih bolesti čije je sprječavanje i suzbijanje od interesa za Republiku Hrvatsku ( NN 60/2014 , NN28/2020, NN73/2022 ). Lista se sastoji od 99 bolesti koje su dodatno dopunjene 2020. godine uvrštavanjem COVIDa 19 i 2022. godine majmunskim boginjama, dakle ukupno 101 zarazna bolest.
U sklopu Odsjeka djeluje Epidemiološka ambulanta u kojoj se provodi, uz obradu zaraznih bolesti i kontakata oboljelih osoba, niz drugih aktivnosti vezano za svakodnevni epidemiološki rad, a to su cijepljenja ( po indikacijama ili komercijalna ), savjetovanje putnika vezano za cijepljenja i mjere zaštite od zaraznih bolesti na putovanju, zdravstveni pregledi osoba koje podliježu obveznom zdravstvenom nadzoru, prema Zakonu o zaštiti pučanstva od zaraznih bolesti (79/07, 113/08, 43/09, 22/14, 130/17) i Pravilniku o načinu obavljanja zdravstvenih pregleda osoba pod zdravstvenim nadzorom (NN 23/94, 93/00, 116/18), antirabična obrada osoba ( ugriženih / ozlijeđenih od strane životinja ), zdravstveni nadzor povratnika iz zemalja pod povećanim rizikom od određenih zaraznih bolesti prema trenutačnoj epidemiološkoj situaciji ili po nalogu granične sanitarne inspekcije, te niz drugih aktivnosti koje ovise o trenutačnoj epidemiološkoj slici.
Ovisno o potrebi ( grupiranje oboljelih / epidemije , naročito u javnim objektima, ustanovama za smještaj starih i nemoćnih osoba, školama, vrtićima… ) provode se terenski izvidi i intervencije u cilju sprječavanja i suzbijanja širenja zaraznih bolesti. Često je tu potreban multidisciplinaran i timski rad u suradnji s brojnim drugim službama.
U sklopu Odsjeka djeluje i Centar za dobrovoljno, anonimno, besplatno savjetovanje i testiranje na hepatitise B,C i HIV. Prema indikaciji koju postavlja savjetnik u Centru, moguće je testiranje na HIV, hepatitis B i C uz zagarantiranu anonimnost. Pokaže li se potreba za podrškom ili liječenjem, pacijenta se uputi na odgovarajuću daljnju obradu.
