Bavi se specijaliziranim uzorkovanjima i terenskim fizikalno-kemijskim analizama voda i sedimenata.
Odsjek uzorkuje i analizira:
- Izvorske vode;
- Riječne vode;
- Jezerske vode;
- Morske vode;
- Bazenske vode;
- Vode za piće;
- Slojne vode i vode iz bušotina;
- Komunalne otpadne vode;
- Tehnološke otpadne vode;
- Sedimente;
Izvodi i ostala uzorkovanja po posebnim uvjetima iz domene ekologije