Odsjek za instrumentalne analitičke tehnike provodi analize hrane, dodataka prehrani, predmeta opće uporabe (igrački, kozmetike, nakita, materijala u kontaktu s vodom i s hranom), vode za piće, voda u prirodi, otpadnih voda, otpada, sedimenta, tla i lebdećih čestica koristeći sofisticirane analitičke metode:
- Tekućinska kromatografija/masena spektrometrija (određivanje policikličkih aromatskih ugljikovodika, organofosfornih pesticida, triazina, herbicida, konzervansa, antioksidansa, umjetnih sladila, umjetnih boja, kofeina, hidroksimetilfurfurala, histamina, mikotoksina)
- Plinska kromatografija/masena spektrometrija (određivanje organoklornih pesticida, organofosfornih pesticida, triazina, herbicida, lakohlapivih halogeniranih ugljikovodika, polikloriranih bifenila, benzena, toluena, etilbenzena, ksilena, ftalata, alkilfenola, indeksa ugljikovodika)
- Ionska kromatografija (određivanje iona, uključivo klorita, klorata i bromata)
- Atomska apsorpcijska spektrometrija i masena spektrometrija s induktivno spregnutom plazmom (određivanje metala i metaloida uključivo žive i uranija)
Odsjek kontinuirano prati novosti u području analitičke kemije te po potrebi razvija i uvodi nove metode. Također, sudjeluje u projektima Hrvatske zaklade za znanost i međunarodnim projektima sufinanciranim od Europske Unije čiji je cilj unapređenje zaštite okoliša i očuvanje zdravlja ljudi.