Odsjek djeluje kao stručni centar koji koordinira i nadzire uvođenje sustava kvalitete, te održava uspostavljeni sustav upravljanja u akreditiranim laboratorijima i ostalim certificiranim jedinicama, djelovanjem predstavnika za kvalitetu (tima za kvalitetu). Članovi tima za kvalitetu su osposobljeni da prate i uz provođenje stalnih poboljšanja, nadziru održavanje uspostavljenog sustava upravljanja u organizacijskim jedinicama Zavoda.
Odsjek za kvalitetu obavlja sljedeće poslove:
- vodi projekte uspostave sustava kvalitete (organizira i koordinira uvođenje sustava prema potrebama Zavoda)
- obavlja poslove upravljanja sustavima kvalitete
- planira osposobljavanje i usavršavanje radnika za osiguranje kvalitete
- provodi edukaciju članova tima za kvalitetu i koordinira radom tima prilikom uvođenja sustava kvalitete
- planira i prati ulaganja u kvalitetu
- osigurava kontinuirani nadzor i poboljšanje uspostavljenog sustava kvalitete, te obavještava HAA, akreditacijske agencije i certifikacijske kuće o svim nastalim promjenama
- planira, organizira i nadzire provedbu internog audita
- informira ravnatelja o rezultatima interne i vanjske ocjene sustava kvalitete
- planira provedbu preispitivanja sustava upravljanja
- nadzire provedbu mjera za stalno poboljšanje sustava kvalitete
- sudjeluje u odlučivanju o tehničkim inovacijama osiguranja kvalitete u organizacijskim jedinicama
- razmatra i ocjenjuje sve pristigle pritužbe, te provodi sve potrebne aktivnosti ovisno o opravdanosti pritužbe
- planira, organizira i provodi ocjenjivanje razine zadovoljstva internih i eksternih korisnika
- prati promjene ISO normi iz područja djelatnosti Zavoda, te sudjeluje u radu stručnih skupova iz područja kvalitete u Hrvatskoj i inozemstvu
- provodi nastavnu aktivnost u suradnji s medicinskim fakultetom i Fakultetom zdravstveni studija Sveučilišta u Rijeci
U sklopu NZZJZ PGŽ djeluje i Povjerenstvo za kvalitetu koje osigurava kontrolu kvalitete zdravstvene zaštite i provođenje propisa iz područja kvalitete zdravstvene zaštite, a koje je sastavljeno od predstavnika svih djelatnosti koje Zavod obavlja. Povjerenstvo za kvalitetu obavlja poslove utvrđene Zakonom o zdravstvenoj zaštiti i Zakonom o kvaliteti zdravstvene zaštite.