Odsjek za kontrolu voda, voda u prirodi, otpadnih voda, otpada, ekotoksikologiju i mikrobiologiju obavlja slijedeće poslove:
- provodi aktivnosti potrebne za praćenje, analiziranje i ocjenjivanje stanja okoliša te utjecaj okoliša na zdravlje ljudi (površinske, podzemne vode, otpadne vode, otpad, vode za rekreaciju),
- provodi aktivnosti potrebne za praćenje, analiziranje i ocjenjivanje utjecaja vode za ljudsku potrošnju na zdravlje ljudi,
- sudjeluje u izradi i provedbi pojedinih programa zdravstvene zaštite u izvanrednim prilikama,
- prati, proučava i ocjenjuje zdravstvenu ispravnost, sastav i kakvoću vode za ljudsku potrošnju, podzemne i površinske kopnene vode,
- prati, proučava i ocjenjuje stanje vodoopskrbe,
- provodi aktivnosti potrebne za praćenje, analiziranje i ocjenjivanje kakvoće mora i ostalih voda za sport, kupanje i rekreaciju, te njihov utjecaj na zdravstveno stanje pučanstva,
- prati, analizira i ocjenjuje sastav i kakvoću otpadnih voda te njihov utjecaj na zagađenje okoliša,
- ispituje mikrobiološku ispravnost vode za ljudsku potrošnju, mora, površinskih i podzemnih voda, voda za šport, kupanje i rekreaciju te otpadnih voda,
- praćenje stanja morskog okoliša (biološko i kemijsko praćenje),
- provodi aktivnosti potrebne za izvođenje testova toksičnosti i ekotoksičnosti,
- izrada elaborata o izloženosti pučanstva toksičnim spojevima te mogućem negativnom utjecaju na zdravlje pučanstva,
- sudjeluje u provođenju aktivnosti i izradi stručnih podloga i elaborata zaštite okoliša, te u drugim stručnim i znanstvenim projektima,
- sudjeluje u školovanju iz područja javnog zdravstva,
